Возможно, нехристианские личные имена Шеша, Шешка, Шешук, Шешун, Шишага, Шишай, Шишиган, Шишига, Шиша, Шишка, Шиш, Шишуй, Шишура, лежащие в основе фамилий, были даны с профилактической целью уберечь ребенка от действия злых сил, от сглаза.
В разных говорах слова шишка, шешка, шиш, шишко, шишига означали «бес, черт», «нечистая сила».В древнерусском языке слово шиш означало «разбойник, грабитель»; подобные значения отмечены и в отдельных говорах: «бродяга», «лихой человек, разбойник».Однако фамилии могут восходить к прозвищам, связанным с диалектными глаголами шишать, шишить, шишкать, шишлять - «копаться, мешкать, лениво, неловко что-то делать» (см. Шешелин).
Прозвище Шиша, лежащее в основе фамилии Шишин, вероятно, могло восходить и к диалектному шиша - «сброд; бедняк», а также «шатун, лентяй». Возможно, слово было прозвищем важного или важничающего человека, либо человека высокого роста, либо полного - в настоящее время сложно определить точное значение именования.
Подобные антропонимы нередко встречались у русских: Шиш Иван Федорович Пушкин, XVII в.; Шишка Никифоров сын, холоп, 1506; Шешко, крестьянин, 1495, Новгород; Сидор Шиш, любовльский крестьянин, 1564; Шешулин Семен, крестьянин, 1627, Курмыш; Шешурка Данило, посадский человек, 1567, Устюжна; Шишунов Иван, крестьянин,1623, Соль Вычегодская; Шишин Иван, посадский человек,1624, Зарайск; и др.
Это краткая история происхождения и значения фамилии Шишич, Шишкин, Шишков.